Sir Joseph John Thomson (* 18. december 1856, Manchester, Spojené kráľovstvo – † 30. august 1940, Cambridge) bol britský experimentálny fyzik.
V roku 1897 objavil elektrón, pri štúdiu elektrickej vodivosti plynov, presnejšie vlastností katódového žiarenia. Za tento objav, ktorým sa začala éra časticovej fyziky, získal v roku 1906 Nobelovu cenu za fyziku. Ako riaditeľ Cavendishovho laboratória na univerzite v Cambridge viedol alebo podporoval veľa základných experimentov, ktoré stáli pri zrode modernej fyziky na začiatku 20. storočia. Pod jeho vedením pracovalo mnoho neskorších nositeľov Nobelových cien ako napr. Ernest Rutherford alebo Francis William Aston.[chýba zdroj]
V roku 1904 navrhol model atómu, ktorý spočíval v záporne nabitých elektrónoch (vtedy ich označoval len ako častice) obklopených "polievkou" kladného náboja.
Thomsonov syn, George Paget Thomson, získal tiež Nobelovu cenu za fyziku v roku 1937. Zaujímavosťou a tiež trochu kuriozitou modernej fyziky je, že George Thomson získal Nobelovu cenu za výskum vlnových vlastností elektrónu pri difrakcii elektrónov na kryštáloch.
xJoseph John Thomson má na Slovensku 0 ulíc a námestí.