Ján Bayer (∗ 1630, Prešov – † 14. máj 1674, Spišské Podhradie) bol slovenský spisovateľ, filozof a pedagóg, najvýznamnejší predstaviteľ Prešovskej školy, stúpenec Francisa Bacona.
Životopis Študoval v Prešove a vo Wittenbergu. Spočiatku pôsobil na svojej alma mater. Po návrate do Prešova (1659) sa stal konrektorom a neskôr aj rektorom mestskej školy a v spolupráci s Izákom Cabanom ju premenil na lýceum. Rozkvetu lýcea sa však nedočkal, lebo v roku 1665 ho zbavili profesúry. Potom bol činný ako kazateľ v Banskej Bystrici a Spišskom Podhradí. Patril do skupiny predstaviteľov spišských miest, ktorých odsúdili za údajné sprisahanie proti Habsburgovcom. Hoci trest smrti im zmenili na vyhnanstvo, Bayer ešte pred odchodom na nútené práce náhle skonal.
Tvorba a myslenie Patril medzi významných filozofov svojej doby. Ako zástanca učenia Francisa Bacona zdôrazňoval nutnosť vychádzať pri bádaní zo skúsenosti, opierať sa o sústavné pozorovanie a experiment. Filozofia a veda majú slúžiť človeku a prispievať k zlepšovaniu stavu ľudskej spoločnosti. Propagoval induktívnu filozofiu. Vďaka orientácii na modernú prírodovedu sa stal vari prvým materialistom na Slovensku. Ako veriaci protestant sa usiloval o spojenie vedy a viery, racionálneho a empirického pohľadu na svet s mystickými špekuláciami. Ako pedagóg bol ovplyvnený Janom Amosom Komenským, hlavne jeho dôrazom na názornosť vo vyučovaní. Tieto zásady v praxi uplatnil pri premene prešovskej mestskej školy na lýceum. Bol najmä filozofom, a plánoval spracovať v monografii problémy metafyziky, psychológie, etiky, ekonomiky a politiky, venoval sa taktiež písaniu básní a prózy, ktoré uverejňoval v zborníkoch.
Dielo , 1662 – Ostium vel atrium naturae ichnographice delineatum , 1663 – Filum labyrinthi vel cynosura seu lux mentium universalis
xJán Bayer má na Slovensku 0 ulíc a námestí.